首先事业单位的聘用制是需要签署劳动合同的，双方根据合同确定双方聘用关系，明确双方责任、权利、义务。
工资结算方式相同，事业单位聘用制和在编人员均由财政拨款解决。
另外是待遇不同，聘用制由于签署劳动合同除了基本工资之外，还享受各种津贴和补助，但相比于在编人员待遇稍逊色
解除劳动关系不同，聘用制一般解聘按照劳动合同办事，至少3年，而在编人员基本上不会辞退。发展的前景不同，聘用制的人员最高可以任副科级职务，并且晋升难度比在编人员大很多。
总结
1、法律依据不同。
2、待遇不同
3、工资结算方式不同
4、解除劳动关系不同
5、发展的前景不同
