海关稽查内容主要有加工贸易业务、一般贸易业务、减免税设备业务三个方面。
海关对加工贸易稽查基本内容：对进口环节和加工生产环节进行稽查，是否存在高报单耗，串换料件等违法行为。
海关对一般贸易稽查基本内容：审查货物价格情况，归类情况，货物数量情况，审查货物的会计记录、收发货记录、出入库记录等。
海关对减免税设备稽查基本内容：减免税货物申报的准确性、使用情况、管理情况。
海关核查方面，“多查合一”改革实施后，原检验检疫业务领域的企业后续监管都由稽核查部门统一实施。核查内容主要包括：保税监管核查，企业信息核查，关税业务核查，统计业务核查，动植物检疫监管业务核查，商品监管业务核查，食品安全业务核查等。
