因四川大学华西医学中心部分海外校友以“川医大”简称可能混淆华西前身原“四川医学院”的“川医”简称为由，促使四川大学向教育部提出行政复议申请。经多方反复协商，最后各方形成承认四川医科大学办学历史，将四川医科大学平稳过度更名为西南医科大学。
学校始建于1951年的西南区川南医士学校；1959年更名为泸州医学专科学校；1978年升格为泸州医学院；1982年，学校获得学士学位授予权；1993年，学校经国务院学位委员会批准成为硕士学位授权单位；2010年获准设立博士后科研工作站；2015年4月更名为四川医科大学，12月更名为西南医科大学。
