有区别的：
性质上：校企合作本科一般为三本，属于全日制序列；自考属于国民教育系列，属于成人教育系列：
费用上，校企本科为三本院校，费用基本上是9000每年起步；自考的话，费用较低，正常考试的话你只需缴纳所考科目每个科目15元左右的考试费用，另外加上书费；
认可度：校企本科在事业单位和公务员考试上有优势。因为是全日制，至少在考试机会上没有多大的障碍，去社会上就业的话，认可度也相对较高；自考本科考试事业单位和公务员考试的话，很多地方上规定只要全日制学历的报考，障碍较多；
水利万物而不争,
而万物莫能与之争。
